回扣分為兩種：一種是其他貨運單位轉過來的貨物要給他一個價差，叫約定;還有一種是發貨方司機來發貨的時候索取的好處。
第一種較為透明，第二種問題就多多了，因為其較為隱蔽的管理方式，客戶托運單上不得填寫回扣項，導致了其中很多的漏洞。
方式一
有的公司是直接叫發貨人填一張領款單當拿回扣的憑證，發貨人簽字拿錢走后，工作人員將單子上的金額以改，10元改18元，17元改19元。這種主要發生在沒有使用管理軟件，或者有軟件，但是沒有相關嚴謹財務管理模塊的公司。
方式二
有的公司一定金額以上的回扣需要主管簽字，一來二回的，經常發貨的人就和主管很熟了，然后貓膩來了，因為主管還有定價權，所以，吃頓飯就把事情定了，發貨人吃發貨方的錢，主管吃公司的錢。
方式三
有的公司多回扣單是要月結的，因為客戶群體的龐大，經常會存在半年以上還沒結的回扣單(很多是發貨人也丟失了)。這里，就有公司財務以管理清晰為名，開具所有的回扣結算單，將所有回扣結算出來，等發貨方來結，而沒來結的就一直在他的私人口袋了。
某些物流企業回扣額達到營業額的三分之一，即100萬的營業額其中有30多萬的回扣。單票貨物甚至回扣額達到實際運費的2倍多，即實際運費300元加上回扣后就變成了900元，而黑鍋都是由物流公司來背。所以物流公司抱怨已經降價虧本運營，而生產企業卻一直抱怨物流成本太高。
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